外界病源的不慎引入会对猪场效益造成重大打击，尤其是在猪流行性腹泻(PED)、非洲猪瘟、或其它高流行性疾病高发期，而全进全出制度对传染性疾病可以起到很好的控制作用。

    但是这种全进全出制度并不是对每一个猪场都适合。全进全出实际上是把大批的猪集中在一起，好比把所有的鸡蛋放在了一个篮子里，无论是风险角度还是经济收益角度，都不见得是最好的。并且在小型猪场由于母猪数量少，全进全出的实际可行性很差。

    总结起来，全进全出有以下弊端：

　  1.可操作性：

　  对于大型猪场，由于拥有大数量的各种年龄阶段的猪，易于实行全进全出制度，也易于员工的分配。但小型猪场由于无法保证各种生产状况同步，劳动力的分配变化性大，如出现产房高峰期。

　  全进全出制度对室外养猪体系也是一种挑战。为保证猪统一行动，室外养猪体系得设置双向电栅栏或其它通道，来避免猪往相反方向行动。且由于不能保证对饲养场地的充分消毒，疾病的传播也是室外养猪必需要考虑的一种风险。

　  2. 经济性：

　  全进全出制度对猪舍数量的要求提高，需要投入更多的土地及资金。同时由于猪舍存在空档期，生产者会认为自己的场地没有得到充分利用。利用分区饲养法来代替建立独立的猪舍是一种可行的操作方法，但这并不是简单的分割土地那么简单，因为空气的流通会导致疾病的传播。

    在全进全出制度中，还可能出现资金流转的问题。当疾病暴发时，由于同一舍猪年龄、体况相似，故发病率、死亡率也相似，容易导致资金困难。而小型猪场由于同一舍的猪，所处的年龄跨度较大，年龄较大的猪抵抗力强，存活率更高，对资金流转影响较小。

　  同时当遭遇大的市场行情变化时，全进全出的风险更高。

　  3. 生产性能的发挥：

　  全进全出制度下非常理想的状态是所有猪的生长状态一致，大小均匀，但是这是很难实现的，同一舍的猪体重必然会分化。全进全出制度实行，使得生长落后的猪始终处于劣势，而那些处于优势的猪则可能存在浪费饲料现象。

　  4. 对猪健康的保证：

　  传统思想会认为全进全出制度可以阻断传播连，有效阻止疾病的传播及发生。但是实际上全进全出只是保证一时环境的清洁，低风险病原的适当传播有助于猪获得更好地抵抗疾病的能力。

　  总结：全进全出制度降低了疾病的传播、提高了猪场管理水平，但是也存在弊端，尤其对于小型猪场。全进全出制度要求生产计划设计准确，并且当市场行情变化时，全进全出的应对能力较差。全进全出制度下，对于生长较慢的猪，由于出栏时体重不达标，卖不出好价钱。而对于生长较快的猪，在已达到出栏体重时却仍在饲喂，造成饲料浪费。