1、圈养羊抵抗疾病的能力相对弱，所以疾病较多。

羊的生理特性决定了羊更合适吃草、大自然中行走。把羊圈养起来是违背羊的生理特性的，特别是山羊。所以，在圈养过程中羊的抵抗力会相对减弱，所以越来越容易感染疾病。而放牧的羊只抵抗力相对更强。

2、圈养所需要的成本更大，养殖户难以承担

圈养羊不仅仅需要粗料，还需要添加精料。而这些饲料的成本越来越高，在羊价行情低迷的年份，不能降低饲料成本的养殖户难以维持下去。而这两年随着养殖业的发展，畜牧饲料的原材料不断涨价，导致羊饲料价格增加。2015年春天，正是因为草料涨价以及羊价低迷，三分之一的养殖户选择退出羊业。2017-2018年，羊价虽然有上涨，但养殖利润已远不如以前，究其原因之一就是饲料成本上涨。

另外，羊的饲料若搭配不合理容易导致羊营养性疾病，比如吃毛、吃土、营养缺乏，不长肉等现象。而放牧环境下的羊虽然长的慢，但营养相对全面。圈养的羊只会因为精料导致消化不良和拉稀的症状等疾病，而放牧不会。

3、圈养羊的管理更难

因为羊圈养在一起，密度大，疾病更容易互相传染，并且放牧的规模相对小，一般几十只到几百只不等，而圈养一般在上百只到上千只（规模大的羊场不适合放牧），所以管理成了一大问题。比如：羊只的分圈、母羊产羔管理、羊圈的清理、群体驱虫、群体免疫、传染病的预防和治疗，夏季羊圈消毒以及降温等。