全基因组选育，简单的讲就是全基因组范围内的标记辅助选择，2001年Meuwissen等提出全基因组选择的思想，2012年起，在一些大的种猪育种公司开始应用，如PIC、Hypor、丹育和温氏等。在种猪选育中应用最多的是PIC公司，2012年开始应用，并且应用于种猪的所有性状，平均每年检测约10万个个体，核心群所有公猪都检测，并且用一步法估计基因组育种值。2013年首农集团三元种业自立课题基因组选育美系大白原种猪自立课题已经立项实施，跟踪国际种猪育种最前沿的猪育种技术。

目前已经建立了近900头的参考群体，部分后备猪已经开始应用全基因组选育，第一批基因组选择公猪已经完成，与传统选择方法结果符合度较高。基因组选择种猪经过采血合格、人工调教成功，公猪精液质量合格，最终母系指数最高(140.85)大白173111已经配种9头，后代生产性能将进一步跟踪。该方法可以不依赖种猪表型信息，对种猪进行早期选择，缩短了世代间隔，提高了选择强度，降低育种成本，同时能够捕获种猪基因组中全部遗传变异，提高了选择准确性，从而加快育种进展，提高育种效益。通过此项研究北京养猪育种中心在猪基因组选育技术和使用方面走在了全国的前列，成功入选国家猪全基因组育种平台项目，此平台在全国种猪遗传改良的框架下，汇聚全国7个科研单位和31家种猪企业的力量，共同翻开生猪育种的新篇章。

同时，北京养猪育种中心还将利用基因组选育技术加快中心种猪的改良，使中心优良种猪基因走遍全国大江南北，为中国养猪业做出更大贡献!